従来は、組織再編行為に関する会計処理基準が未整備で、実務上、商法の時価以下主義の考え方に基づく処理が行われていたため、会計上は柔軟な対応が可能でした。しかしながら、商法の現代化の流れに呼応する形で企業結合会計基準が導入されることとなり、組織再編行為に関する会計処理は、パーチェス法か持分プーリング法またはこれに準じた方法のいずれかによるものとされ、従来のように比較的柔軟なのれんの計上や資産の評価替えはできなくなりました。
組織再編において差損が生じる場合、当該差損は資本の部の計数（資本金、準備金、剰余金）の減少として処理されることとなります。
実質債務超過会社を消滅会社とする合併や実質債務超過の事業部門の吸収分割が可能か否かについては、会社法においても直接これに関する規定が整備されているわけではないため、従来と同様の解釈とされています。
ただ、実質債務超過であること自体を理由に即、合併が認められないということはなく、実質債務超過額を上回る何か（シナジー等）があることを理由に、会社法上の手続きを経て、株主および債権者の同意を得られたのであれば、あえてそれを否定する必要はないという考え方もあるようです。
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